Bei ambulant erworbenen unkomplizierten Infektionen ist eine mikrobiologische Diagnostik häufig entbehrlich und nur in Sonderfällen empfohlen. Bei nosokomialen Infektionen sollte eine Erregerisolierung und Charakterisierung durch eine invasive Diagnostik grundsätzlich angestrebt werden. Umfang und Notwendigkeit dieser diagnostischen Maßnahmen werden unterschiedlich beurteilt.

Da die Ergebnisse der mikrobiologischen Untersuchungen häufig erst mit einer zeitlichen Verzögerung von mehr als 24 Stunden vorliegen, haben sie keinen Einfluss auf die Initialtherapie. Bei einer rationalen und effizienten frühen Therapie sind sie nicht immer erforderlich, für eine gezielte Therapie jedoch unerlässlich. Indikationen zur routinemäßigen mikrobiologischen Diagnostik sind:

• Nichtansprechen der Initialtherapie innerhalb von 3 Tagen
• Vorliegen einer schweren Grunderkrankung
• Schwere Verlaufsformen
• Unklare Diagnose
• Chronische Erkrankungen
• Komplikationen
• Nosokomiale Infektionen

Als Methoden zur mikrobiologischen Diagnostik werden mikroskopische und kulturelle Nachweisverfahren angewandt. Dies ist vor allem bei Bakterien mit kurzen Teilungsraten wie Streptokokken, Klebsiellen, Enterobaceriaceae, Pseudomonaden oder auch Haemophilus influenzae möglich.
Proben sollten vor Beginn einer antimikrobiellen Therapie gewonnen werden und möglichst innerhalb von 2 Stunden im Labor bearbeitet werden.

Neben dem mikroskopischen und kulturellen Nachweis gewinnen immunologische und molekularbiologische Methoden an Bedeutung. Serologische Untersuchungen haben für eine aktuelle Therapieentscheidung in der Regel keine Relevanz. Sie können zur Kontrolle eines Krankheitsverlaufes (2. Probe nach 8 bis 14 Tagen) oder zur Klärung epidemiologischer Fragen herangezogen werden.